As Farmácias portuguesas contam com um vasto conjunto de sistemas e estruturas de apoio e que reforçam os mecanismos de garantia da qualidade dos medicamentos:
Infarmed
Nenhum medicamento é posto à venda em Portugal sem autorização do Infarmed. O Instituto Nacional da Farmácia e do Medicamento tem por missão garantir o acesso dos cidadãos aos medicamentos e produtos de saúde. Garantir o acesso significa assegurar a qualidade, disponibilidade, conformidade, e relação custo-eficácia dos medicamentos. O Infarmed inspecciona e controla a produção, a distribuição, a comercialização e a utilização de todos os medicamentos de uso humano. O Instituto também coordena o Sistema Nacional de Farmacovigilância, que verifica a existência de reações adversas aos medicamentos.
Centro de Estudos de Farmacoepidemiologia
O CEFAR desenvolve regularmente, com a participação das Farmácias, estudos sobre várias temáticas em torno do medicamento
Centro de Documentação e Informação de Medicamentos
O CEDIME presta apoio científico aos Farmacêuticos no seu relacionamento com os utentes. Permite, no ato de atendimento, o acesso a dicionários informáticos de medicamentos e parafarmácia, bem como o esclarecimento de questões relacionadas com o medicamento.
Laboratório de Estudos Farmacêuticos
O LEF é um laboratório independente de investigação aplicada. Realiza estudos de qualidade sobre medicamentos e divulga-os junto de médicos e Farmacêuticos. Apoia ainda os Farmacêuticos na avaliação de eventuais reclamações dos utentes relativamente à qualidade dos produtos dispensados nas Farmácias.
Centro Tecnológico do Medicamento
O CETMED é um departamento técnico-científico criado pela Associação Nacional das Farmácias para dar apoio às Farmácias na preparação de medicamentos manipulados (isto é, preparados na própria oficina da Farmácia). Atualmente está integrado no LEF.
Conselho Nacional de Publicidade de Medicamentos
É um órgão que funciona junto do Infarmed e que supervisiona as regras e normas que disciplinam a publicidade a medicamentos. É que só os medicamentos de venda livre podem ser anunciados. A publicidade a medicamentos e tratamentos sujeitos a prescrição médica está proibida por lei, com excepção da publicidade em publicações técnicas para médicos e outros profissionais de saúde.
Agência Europeia de Avaliação dos Medicamentos
A principal responsabilidade da EMEA é a defesa da saúde pública e animal. Para tal, congrega uma rede de recursos científicos dos países da União Europeia de forma a assegurar o mais elevado nível de avaliação e controlo de medicamentos na Europa.